肝穿刺活组织检查的临床意义：
①有利于多种肝病的鉴别诊断，如各型病毒性肝炎、酒精性肝炎、肝结核、肝肉芽肿、血吸虫病、肝肿瘤、脂肪肝、肝脓肿、原发性胆汁性肝硬化及各种代谢性肝病（肝豆状核变性、肝糖原累积病、肝脏淀粉样变性）等，常需要通过肝穿刺来了解病人的肝脏病变，为明确诊断提供重要的甚至可能是决定性的依据。
②了解肝脏病变的程度和活动性，能直接了解肝组织的病理变化，并可以做出较客观、精确诊断的检查方法。有不少慢性乙型肝炎患者，感染肝病病毒时间很长，但抽血化验发现转氨酶异常可能仅有半年时间，肝病病毒含量水平也不高。这样的病人通过肝穿刺能发现慢性肝病是否处于活动期，并能推断其病变的轻重程度。
③提供各型病毒性肝炎的病原学诊断，通过肝穿刺，用超敏感免疫组织化学和原位分子杂交技术，可检测出寄生在肝组织中的肝炎病毒。
④发现早期、静止或尚在代偿期的肝硬化，可以对肝脏纤维化和早期、静止或尚在代偿期的肝硬化进行精确诊断，并能够鉴别肝硬化临床类型，区分是酒精性肝硬化还是肝炎后肝硬化，以及是否伴有活动性肝炎。
⑤鉴别黄疸的性质和原因，临床上黄疸往往难以确定病因，可做肝活检。它可以确定黄疸是胆红素代谢障碍，或是肝细胞性黄疸，还是胆汁淤积所致，以及是病毒性还是药物引起。不同的病因，预后和治疗完全不同，只有诊断清楚，才能制订正确的诊疗方案。
⑥作为慢性肝炎病情、预后的评判指标，肝穿刺从细胞分子水平发现肝组织的病变，填补了慢性肝炎与早期肝硬化之间漫长病程而缺乏有效检查评价手段的空白，无论超声、计算机断层扫描（CT）、磁共振成像（MRI）对早期肝硬化的诊断都显得力不从心，肝活检病理诊断却很明白地从细胞分子水平判断肝脏的炎症、纤维化、早期肝硬化的状况，为病情变化、预后的判断提供了客观依据。

肝穿刺的标本虽小，但对于弥漫性的肝脏疾病，如胆汁郁积、脂肪变性、肝炎、血色病等，均有代表意义。局灶性的肝脏疾病则可能发生遗漏。