吞咽疼痛较吞咽困难少见。所有吞咽疼痛者几乎均存在咽喉部或食管黏膜病变，包括局部损伤（异物、腐蚀剂、药物等）、炎症、感染（霉菌、单纯疱疹病毒或巨细胞病毒等）和肿瘤等。病变黏膜对化学刺激或热敏感，因此不论吞咽固体或液体食物均可发生疼痛，尤其是吞咽热的液体。吞咽时发生于咽喉部的疼痛应行咽喉部检查，发生于食管（胸骨后）的疼痛应行上消化道内镜检查和/或上消化道钡餐检查。治疗应针对原发疾病。