利用核磁共振技术显示胎儿解剖结构，对胎儿结构畸形做出诊断的一种检查。
磁共振成像（MRI）检查无放射性损伤，无骨性伪影，对软组织分辨率高。在产科领域已得到广泛应用，胎儿MRI可克服超声视野小、软组织对比度较差的缺点。孕妇腹部肥厚的脂肪、肠道气体、盆腔骨骼，以及胎儿羊水较少、胎位不正等不影响其成像质量，能以照片的形式清晰地显示胎儿解剖细节结构，对于复杂病理表现或畸形显像良好。三维胎儿核磁共振容积再现（volume rendering; VR）图比三维超声更清晰地显示胎儿的体表容貌，明显提高诊断胎儿颜面畸形的准确性，是对超声产前影像诊断的重要补充办法。由于核磁共振的热效应是潜在危险因素，不建议早期妊娠行核磁共振检查，适合检查的胎儿需大于孕18周。对于孕中晚期胎儿，也仅用于超声诊断难以确定的病例。胎儿核磁共振主要有下列临床应用。
中枢神经系统成像：评价胎儿的脑发育状况和胎儿神经系统发育畸形，如脑室扩大、胼胝体发育不全、皮层发育畸形、后颅窝异常、脑缺血或出血等。
面颈部成像：发现唇腭裂、下额短小、眼距异常、颈面部血管瘤等。三维核磁共振可以清晰显示胎儿的额头、鼻梁、鼻翼、鼻孔、耳朵、脸颊、嘴唇、下颚的形态，并展示胎儿的面部容貌和表情，可用于诊断胎儿颜面畸形。
胸部成像：诊断先天性膈疝（CDH）、肺隔离症（PS）、气道闭锁以及胎儿肺部容积测量。
腹部成像：可观察胎儿整体情况，诊断先天性肠道闭锁、先天性脐疝、腹壁裂、肝脏囊肿、先天性巨结肠以及躯干部复杂畸形等。对于胎儿肠道穿孔引起的胎粪性腹膜炎的诊断比超声诊断更敏感。
泌尿系统成像：诊断多囊肾、马蹄肾、异位肾、肾盂肾炎、膀胱输尿管反流、脐尿管未闭等畸形。
四肢成像：诊断长骨的发育缺陷，如手、足缺失畸形，短肢畸形，关节畸形，马蹄内翻足，多指（趾）畸形等。
胎盘、脐带及羊水成像：可以发现脐带绕颈、单脐动脉、双脐动脉、脐带长度异常、脐动脉纤细、胎盘囊肿、绒毛膜下出血、宫腔内粘连、前置胎盘、羊水过多、羊水过少等产科异常。
但是胎儿MRI仍有一定的漏诊率，主要发生在先天性心脏畸形、尿道下裂、肛门闭锁、胆囊缺如、鼻骨短、手指数量异常和眼距异常等的诊断。