执行机体与外界进行气体交换的器官对不利因子的防御功能。
一方面，呼吸系统与外界大气相通，大气污染和感染因子可直接侵入；另一方面，呼吸系统经血液循环受机体内部有害物质的侵害。呼吸系统防御包括物理、生物、神经、免疫和生化等方面。
气道的防御机制
①气道物理学的防御机制是通过对致病因子的沉积、滞留和气道黏液-纤毛的消除作用完成的；
②同肠道内的正常菌群一样，上呼吸道的正常菌群对机体来说也是一种防御机制，属于生物学的防御；
③神经学的防御机制主要是通过有害因子刺激鼻黏膜、喉及气管时产生的鼻-气管反射、鼻-肺反射、喉反射及咳嗽反射等完成，以清除致病物质。
气道-肺泡的免疫防御机制
此领域的免疫系统由以下部分构成：
①分化程度较高的淋巴结；
②主要分布在中心气道分支部黏膜下的淋巴滤泡，即支气管相关淋巴样组织；
③广泛分布于气道上皮、血管、肺泡间质、胸膜等处分化程度较低的淋巴样集合体；
④局限在气道-肺泡腔的淋巴细胞。在有害因子的刺激下，上述系统可通过细胞免疫和体液免疫发挥防御作用。
肺泡的防御机制
①用支气管肺泡灌洗的方法观察到巨噬细胞大量存在于肺泡中，这种肺泡巨噬细胞在肺泡的机体防御中起主导作用；
②研究表明，肺泡表面活性物质有增强防御功能的作用。