寄居在呼吸道内一定种类的微生物。
它们在宿主及外环境的影响下在菌群种类和数量上保持一定的动态平衡，正常情况下并不引起人类的疾患。一旦菌群正常生态结构被破坏导致菌群失调，则可引起呼吸道感染。
上呼吸道由鼻、咽、喉组成。正常存在的菌群包括：草绿色链球菌、表皮葡萄球菌、奈瑟氏球菌、流感嗜血杆菌等；下呼吸道由气管、主支气管及肺内各级支气管组成。传统观点认为下呼吸道是无菌的，来自宾夕法尼亚大学医学院Charlson等运用Q-PCR、DNA条形码和测序技术第一次为人类系统阐述了整个呼吸道垂直层面上微生态的分布特点及其多样性。研究表明，下呼吸道的菌群分布与上呼吸道类似，具有高度同源性，并不存在特异性微生物，差异性体现在数量上明显减少，但正常人体并不出现感染状态。健康人呼吸道主要定植着五大菌门：厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门和梭杆菌门。
新生儿期即已建立呼吸道环境，但不稳定，随时间推移而逐渐演化。分娩方式、喂养方式、生活环境、抗生素应用和肠-肺轴等因素均可影响呼吸道菌群的定植。如在大气污染物的作用下，儿童上呼吸道菌群平衡发生改变，导致条件致病菌增多，进而易引起呼吸系统疾病的发生。不同的呼吸系统疾病同样可引起下呼吸道微生物的结构发生改变。如慢性阻塞性肺病患者肺内的某些菌群（变形菌门、厚壁菌门、放线菌门）在结构和比例上与健康个体存在不同。
呼吸道菌群，尤其是下呼吸道微生物基因组的研究可为人类治疗慢性气道疾病找到一个新的切入点。