因食用含有产生生物毒素的细菌、霉菌、有毒动植物及其毒素（toxin），或受化学有毒物质（poison）污染或掺入食品而引起的疾病。这些毒素通常无嗅、无味、无色，甚至在食品中病菌被杀死之后仍可引起疾病。
引起食源性中毒的主要原因有：
①一些食物中含有天然毒素，例如山黧豆属食物中的β-N-草酰基-L-a（beta-oxalyl amino-alanine）毒素，可引起山黧豆中毒（Lathyrism）。山黧豆中毒有骨病性山黧豆中毒和神经性山黧豆中毒两种表现，此病在印度等亚洲国家的贫瘠山区仍有流行。
②一些细菌产生的毒素，例如金黄色葡萄球菌毒素、肉毒杆菌毒素等。
③一些真菌产生的毒素，例如黄曲霉毒素、镰刀菌素毒素等。
④一些藻类产生的毒素，例如浮游鞭毛藻类、蓝藻、硅藻毒素等。
⑤食源性化学中毒，例如曾经发生的在家畜养殖过程中非法使用盐酸克伦特罗等药物（俗称“瘦肉精”）提高瘦肉率，造成人食用该肉后中毒；误将亚硝酸盐当作食用盐，造成的食源性化学中毒等。
食源性中毒是一类食源性疾病，其概念时常与食物中毒（food poisoning）互换使用。然而，传统上的食物中毒主要指摄入了含有生物性、化学性有毒有害物质的食品后发生的“非传染性”急性胃肠炎或急性中毒性疾病。食源性疾病指食品中致病因素进入人体引起的感染性、中毒性等疾病，包括食物中毒。随着经济社会的发展，食品安全工作不仅要预防急性食物中毒，而且要防止不安全食品对人体健康造成任何急性、亚急性或者慢性危害。这一要求已体现于食品安全立法之中。《中华人民共和国食品安全法》规定，食品安全指食品无毒、无害，符合应当有的营养要求，对人体健康不造成任何急性、亚急性或者慢性危害。