食用了含有活病原体的食品而引起的感染性症状或疾病。引起食源性感染的病原体包括细菌、病毒、寄生虫、朊病毒等。食源性感染可分为两个基本类别：
①侵入性感染——随食品进入人体的病原体入侵人体组织和器官而引起的感染。这些侵袭性病原体包括病毒、寄生原虫、寄生虫，以及侵袭性细菌如沙门菌、气单胞菌属、弯曲杆菌、志贺杆菌、副溶血性弧菌、耶尔森氏菌属、肠型大肠埃希菌等。
②毒感染——由原不具有侵袭性，但有能力在人体肠道繁殖并产生毒素的感染性细菌所引起的感染。这类感染性细菌如霍乱弧菌、蜡样芽孢杆菌（腹泻型）、肉毒杆菌、产气荚膜梭菌、肠出血性大肠埃希菌等。
食源性病原体经食物进入人体，引起感染的可能性取决于病原体的数量（感染剂量）和人体的健康状态。人体健康状态是影响致病能力的主要因素。健康的人对许多食源性感染具有抵抗力；而高危人群，如免疫力低下者、免疫抑制者、体弱者、老年人、小孩等，抵御食源性疾病的能力低，易发生食源性感染。大多数食源性感染的病程较短，短时间内症状可消失。少数食源性感染（小于5%）也可能有慢性后遗症，如反应性关节炎、莱特尔综合征（以关节炎、尿道炎和结膜炎三联征为临床特征的一种特殊临床类型的反应性关节炎）、格林-巴利综合征（即急性炎症性脱髓鞘性多发性神经病，又称吉兰-巴雷综合征，是由病毒感染、自身免疫等多种致病因素所引起的一种迟发性变态反应所导致的急性或亚急性多发性周围神经、神经根炎症性脱髓鞘疾病）、强直性脊柱炎、脑膜炎、类风湿性关节炎、化脓性关节炎、败血症以及心血管症状。74%的食源性疾病是食源性感染所致（其中66%由细菌引起，4%由病毒引起，4%由寄生虫引起），26%由化学物所致。食源性感染，特别是细菌性食源性疾病，是最广泛的全球公共卫生问题，但是可以预防控制的疾病。《中华人民共和国食品安全法》规定将食源性疾病作为食品安全风险监测的重要内容，纳入监测计划，早期发现、早期预警，及时预防控制食源性疾病的传播扩散。为了加强全球食源性疾病的管理，世界卫生组织（WHO）已建立全球食源性疾病网络，以加强和提高成员国检测、应对、防止食源性及其他感染性肠道疾病的能力。