黏在牙面或修复体表面，由有机物和细菌团块组成，不能被水冲去或漱掉的软而未矿化的细菌斑块。
牙菌斑的细菌团块以生物膜的形式存在，不同于悬浮的单个细菌，它们是整体生存的微生物生态群体。细菌凭借牙菌斑生物膜这种独特结构，黏附在一起生长，相互附着很紧，难以清除。牙菌斑生物膜的形成是一种适应过程，使细菌能抵抗表面活性剂、抗生素或宿主防御功能的杀灭作用，使各种细菌长期共存，在合适的微环境中发挥不同的致病作用。牙菌斑是口腔细菌生存、代谢和致病的基础。
形成过程
牙菌斑的形成过程大致分为三个基本阶段：
①获得性薄膜形成。在刚清洁过的牙面上，唾液薄膜数分钟内便可形成，1～2小时迅速成层增厚，为细菌黏附提供特殊受体，既可促进早期细菌的黏附定植，又可作为细菌的营养。
②细菌黏附和共聚。获得性薄膜一旦形成，口腔内的细菌便陆续地定植于薄膜，细菌表面与宿主组织表面间存在着高度选择性，仅少数细菌具有直接黏附于薄膜的能力。最初附着的主要是一些革兰氏阳性球菌，这些早期菌的定植又为后期菌的附着提供表面。不同属﹙种﹚细菌表面分子间的特异性识别称为共聚，例如由一种细菌的植物凝集素样蛋白与另一种细菌相应的碳水化合物产生特异的蛋白酶性联结。
③菌斑成熟。早期定植菌迅速繁殖和生长，导致菌斑细菌数量和种类增多，形成复杂菌群。一般12小时的菌斑便可被菌斑显示剂着色。早期菌斑增长较快，成熟时则较慢，9天后便形成各种细菌的复杂生态群体，10～30天的菌斑发展成熟达高峰。
在正常情况下，口腔菌群以许多错综复杂的共栖方式，保持着菌群之间的相对平衡，且保持着菌群与宿主之间的动态平衡。菌斑微生物与牙体组织和牙周组织保持一种良性互动的关系，通过各种复杂的调控机制，与牙体组织和牙周组织处于一种平衡的状态。然而当正常菌群失去相互制约，或微生物和宿主失去平衡时便变得有害。
分类
牙菌斑根据其所在部位，以龈缘为界，分为龈上菌斑和龈下菌斑两种。
龈上菌斑是位于龈缘以上的菌斑，主要分布在牙冠的近牙龈1/3处和其他不易清洁的部位，如窝沟、裂隙、邻接面、龋洞表面等。主要为革兰氏阳性兼性菌组成。与龋病的发生、龈上牙石形成有关。对牙周组织有危害的主要是龈缘附近的龈上菌斑。
龈下菌斑是位于龈缘以下的菌斑，分布在龈沟或牙周袋内，又可分为两部分：
①附着性龈下菌斑，是由龈上菌斑延伸到牙周袋内，附着于牙根面。健康的牙龈因龈沟较浅，龈下菌斑量少；当牙龈有炎症使龈沟加深或形成牙周袋后，龈下菌斑量随之增加。附着性龈下菌斑的结构、成分与龈上菌斑相似，细菌种类增多，主要为革兰阳性球菌及杆菌、丝状菌，还可见少量革兰阴性短杆菌和螺旋体等，它与龈下牙石的形成、根面龋、根面吸收及牙周炎有关。
②非附着性龈下菌斑，位于附着性龈下菌斑的表面，为结构较松散的菌群，直接与龈沟上皮或袋内上皮接触，主要为革兰阴性厌氧菌，还包括许多能动菌和螺旋体。在牙周炎快速进展时，非附着性龈下菌斑明显增多，与牙周炎的发生发展关系密切。
牙菌斑是口腔两大常见病——龋病和牙周病的主要致病因素，每天刷牙、认真去除牙菌斑是个人口腔卫生保健的首要任务。另外，每年1～2次的牙科检查和牙周洁治是彻底清除牙菌斑必不可少的，可有效预防龋病和牙周病。