借助专用器械对根管进行清理、成形，使用有效的药物对根管进行消毒灭菌，最后严密填塞根管并行冠方修复，从而控制感染、修复缺损，促进根尖周病变的愈合或防止根尖周病变发生的方法。是治疗牙髓根尖周病最有效而常用的手段。
根管治疗的步骤包括髓腔通路预备、根管预备、根管消毒及暂封、根管充填、根管治疗后的牙体修复。
髓腔通路预备：去除龋坏感染组织，开髓，暴露髓腔，去除髓室内感染和坏死的组织，为后续治疗步骤建立一个适宜的通道。
根管预备：通过机械和化学的方法达到两个目的：
①清理，即去除根管系统内的感染物质。选择合适的器械去除牙本质碎屑、微生物及其代谢产物，溶解残余的牙髓组织，去除玷污层，反复冲洗根管。
②成形，即将根管制备成有利于冲洗、封药和充填的形态。
根管消毒及暂封：对于非感染根管，经上述程序预备后可以直接充填。对于感染根管，经过根管消毒可达到进一步控制微生物和毒素、预防根管再感染、降低根尖周组织炎症反应等目的。根管消毒的方法有激光、微波、超声和药物消毒等，其中根管封药或诊间封药最为常用。
根管充填：根管系统经过预备和消毒后，仍可能残留少量的病原体。口腔中的细菌及其营养物质可通过开髓口进入根管，根尖周组织中的病原体和组织液也可经根尖孔及副孔进入根管，导致其再感染。因此，及时利用根管充填材料严密封闭根管系统，隔绝根管和口腔或根尖周组织的交通，可以促进根尖周病变的愈合，防止再感染。根管充填的方法较多，常用的是侧方加压充填法和热牙胶垂直加压充填法。
根管治疗后的牙体修复：根管治疗术是治疗和预防根尖周病最有效的手段，重视根管治疗后的牙体修复，可以防止根管治疗后因冠方封闭不良、牙体修复不良等导致根管治疗术的失败。
使用粘接性材料时，要尽可能多地暴露牙齿组织，增加粘接面积，以最大程度地发挥粘接材料的作用，起到增加抗力的效果。复合树脂直接粘接修复术的优点是可以保存更多的牙体组织，椅旁一次完成获得理想的临床效果。间接修复体包括嵌体、高嵌体、全冠和桩核冠，优点是对邻面和接触点的恢复以及面和轴面等外形的恢复较好，机械性能强，理论寿命较长。
随着根管治疗技术的提高，微创理念提倡减少对牙体组织的破坏，修复材料的改进，粘接性能、机械性能的提高，可以增加牙的抗力，因此对修复方式的选择也更加多样化。