消化系统疾病引起的脑功能紊乱而产生的精神障碍，最常见的精神障碍包括肝豆状核变性、肝性脑病和胰腺疾病所致的精神障碍等。
肝豆状核变性
一种铜代谢障碍导致脑基底核变性和肝功能损害的常染色体隐性遗传病。主要病理生理变化是血浆铜蓝蛋白减少，导致铜沉积在豆状核、肝脏、角膜和肾脏。除进行性加重的锥体外系症状、角膜色素环、肝硬化、肾功能损害外，精神症状可出现在疾病早期，随着病情的进展而加重，表现为情绪不稳，情绪高涨，行为异常，敌对和反社会人格改变，少数可出现幻觉和妄想，进一步可发展为痴呆。治疗方面应积极对因和对症治疗，精神症状明显时应给予抗精神病药物，智能障碍可用促智药物。
肝性脑病
又称肝脑综合征。是由严重肝病引起的，以代谢紊乱为基础，以严重的躯体症状和神经精神症状为突出特征的综合征。病因不明，可能与循环障碍、神经递质传递障碍、氨中毒、胺代谢障碍以及电解质代谢障碍相关。精神症状主要表现为抑郁、兴奋、幻觉或错觉、人格改变、智力障碍和意识障碍等。治疗时应积极消除和控制肝性脑病的诱发因素，清除对大脑有害物质。处理精神症状时应慎用或禁用催眠药、麻醉药、镇静药和氯丙嗪等抗精神病药，对严重兴奋躁动的患者可考虑应用苯二氮䓬类药物如地西泮等；同时还应积极处理各种并发症；另外疾病早期支持性心理治疗有助于预防精神障碍发生。
胰腺疾病所致精神障碍
急性胰腺炎、慢性胰腺炎和胰腺癌均可导致精神障碍。急性胰腺炎伴发的精神障碍主要表现为抑郁状态、幻觉妄想状态、智力障碍、定向障碍和意识障碍等。慢性胰腺炎导致精神障碍主要表现为抑郁、谵妄等。胰腺癌所致精神障碍以抑郁状态为主要表现，可伴有幻听、关系妄想和被害妄想等。精神症状的治疗以对症治疗为主，抑郁焦虑使用抗抑郁抗焦虑药，其他精神障碍可使用小剂量的抗精神病药，但当急性胰腺炎伴发意识障碍时，药物选用要慎重。