通常包括光学显微镜（简称光镜）、免疫病理学（免疫荧光或免疫组织化学）及电子显微镜（简称电镜）检查。主要步骤包括：取材、固定、脱水、包埋、切片、染色、阅片及签发报告。
光镜检查
肾活检病理检查的光镜石蜡切片合适的厚度为2微米。做成切片后进行染色，染色的目的是便于在光镜下观察标本的组织结构的变化，固有细胞的多少和分布，炎症细胞浸润，细胞外基质的多寡，基底膜的变化等。光镜需要至少8～10个肾小球才能满足诊断条件。肾活检病理检查常规染色包括：
①苏木素-伊红（HE）染色。细胞核显紫色，可观察细胞的种类和数量。
②过碘酸雪夫（PAS）染色。该方法将糖原和糖蛋白染成红色，所以可显示肾小球和肾小管的基底膜以及增生的系膜基质等细胞外基质，并可根据基底膜的轮廓判断足细胞、内皮细胞、系膜细胞等固有细胞的种类。
③过碘酸六胺银（PASM）染色。该方法在过碘酸氧化的基础上，加染银，使基底膜和系膜基质以及Ⅳ型胶原显黑色，较PAS法显示更精细。主要用于观察基底膜、免疫复合物及特殊沉积物。
④Masson-Trichrome或马松三色染色，主要用于观察组织中纤维、坏死性病变、免疫复合物沉积。基底膜和Ⅲ型胶原显蓝色或绿色，免疫复合物或血浆、纤维蛋白显红色。主要用于观察坏死性病变、免疫复合物沉积。
肾组织免疫荧光和/或免疫组化染色
肾组织免疫荧光是指采用标准化的荧光素标记抗体与肾内的抗原或免疫球蛋白、补体进行结合，进而确定标本中有无相应的抗体或者免疫复合物存在的方法。根据显现的荧光强度判断免疫复合物的多少，常用半定量法依次表示为－；±；＋；＋＋；＋＋＋；＋＋＋＋。根据免疫复合物种类，常规进行IgG、IgA、IgM等免疫球蛋白检查，旁路激活的补体C3和经典途径激活的补体C1q、C4以及纤维蛋白等检查。肾组织免疫荧光通常选用冰冻组织切片，较适宜的切片厚度为3～4微米。制作冰冻切片的标本应尽快以盐水纱布包裹，以免干枯，并尽快冷冻保存（0℃以下）。免疫荧光染色后标本中的荧光易淬灭，病理医师应及时阅片，并及时将荧光图像拍照保存，用以免疫荧光报告的发送，以及后续回顾或研究用。
石蜡切片免疫荧光或免疫组化与冰冻切片免疫荧光原理基本相同，但因为组织经过石蜡包埋后，其表面抗原决定簇会被严重破坏，必须进行抗原修复，使抗原决定簇与荧光素标记或是酶标记的相应抗体结合，观察不同荧光素的发光或是不同底物的显色从而协助病理诊断。免疫荧光法简单、快速、定量准确，但所需设备复杂，且荧光易淬灭。与免疫荧光相比，免疫组化所需设备简单，可长时间保存，但其结果不够灵敏、人为干扰因素大、不易定量。因此免疫病理检查优先推荐免疫荧光法。
电镜检查
电镜可观察到细胞的细微结构、免疫复合物的有无和沉积部位及各种特殊物质和病原体，对于肾活检的诊断具有非常重要的价值。临床上根据不同需要可进行透射电镜、扫描电镜以及免疫电镜观察。
①透射电镜：是肾活检病理检查的常规方法。因电镜标本固定液的固定能力较弱，供检查的标本体积应以米粒大小为宜，以保证细胞超微结构的固定和保存效果。
②扫描电镜：应用喷金法观察细胞核组织的表面结构。
③免疫电镜：是免疫组化与透射电镜相结合的方法，常用胶体金作为标记物，胶体金呈颗粒状，电子密度大，可与抗体相结合，因而在受检的抗原部位出现胶体金颗粒沉积。