将微型超声探头置入内镜顶端，内镜检查消化道黏膜表面，超声扫描获得消化道管壁各层结构和周围相邻器官超声影像的检查方法。
常规内镜检查仅能观察消化道黏膜表面，而内镜超声检查则可获得消化道管壁各层结构的超声影像图。腹部常规超声检查易受腹壁脂肪和肠腔气体影响和干扰，而内镜超声在消化道管腔中进行，可避免上述影响和干扰，使位于腹腔深部的胆总管末端和胰头部病变也能清晰显示。因此，内镜超声具备内镜和超声的双重功能，提高了诊断水平。
超声扫描方式分成：
①直接法。超声探头直接接触黏膜扫描。
②水囊法。超声探头周围固定一橡皮水囊，适用于食管、十二指肠球部和降部扫描。
③脱气水充盈法。胃腔内注入脱气水，超声探头完全浸入水中。适用于观察胃壁各层结构及其邻近器官（肝、胆、胰和肝门静脉等）。正常食管壁和胃壁显示5层结构。第1层相当于黏膜表面和黏膜层的界面波，第2层相当于黏膜肌层，第3层相当于黏膜下层，第4层相当于固有肌层，第5层相当于外膜（食管）或浆膜（胃）与周围组织的界面波。
适应证包括：
①评估消化道恶性肿瘤浸润深度和周围淋巴结。
②评估消化道黏膜下病变起源、深度和性质。
③评估胆总管末端和胰头部病变。
④需要行内镜超声引导下穿刺。
禁忌证和并发症同胃镜检查。