内镜从口腔和/或肛门插入检查小肠病变的方法。
小肠位于全消化道中部，长约5米，因此常规消化道内镜无法抵达深部小肠。小肠镜（包括双气囊小肠镜、单气囊小肠镜和螺旋管小肠镜）的问世和应用使全小肠检查成为可能，最常用的是双气囊小肠镜。根据需要，可经口、经肛，或经口和经肛进行检查。
适应证包括：
①不明原因消化道出血。
②其他影像学检查（钡剂造影、电子计算机断层扫描造影等）怀疑小肠病变。
③已确诊小肠疾病需要随访复查。
禁忌证有：
①重要器官功能严重异常。
②小肠梗阻不能完成肠道准备。
③多次腹部手术合并严重肠粘连。
④实验室检查指标显著异常。包括显著贫血、出血和凝血功能异常、严重低蛋白血症、重度电解质紊乱等。
⑤其他。包括显著食管胃静脉曲张、大腹水和妊娠等。
经口检查者术前可适度清肠并禁食12小时，经肛检查者术前1～2天流质饮食，检查前12小时用至少3升水冲服清肠药物。小肠镜检查的操作难度较大，需要借助气囊的作用和钩拉技巧才能使内镜进入深部小肠，并基于多种方法判断内镜或病灶在小肠中的位置。多数情况下经口和经肛检查能够完成全小肠窥视（对接）。
并发症主要为腹痛、咽喉痛、消化道出血、急性胰腺炎、消化道穿孔、肠系膜根部组织撕裂等。