持续时间多于4周的腹泻。
因为绝大多数感染性腹泻可在4周内自愈或被治愈，病程定为多于4周是为了排除感染性腹泻。
慢性腹泻类型很多，主要包括：
①水样腹泻。可分成渗透性和分泌性，前者主要与摄入渗透性泻药和糖类消化吸收不良相关，后者的病因很多，包括胆盐吸收不良、光镜下结肠炎、肠运动调节紊乱（如肠易激综合征、糖尿病自主神经病变）、药物或毒物、内分泌疾病（如甲状腺功能亢进、部分神经内分泌肿瘤、［阿狄森（Addison）病］、肠道新生物（如癌、淋巴瘤、绒毛状腺瘤）、特发性分泌性腹泻等。
②炎症性腹泻。主要病因包括炎症性肠病［如溃疡性结肠炎、克罗恩（Crohn）病］、肠道感染性疾病（如细菌、病毒、寄生虫）、缺血性结肠炎、嗜酸粒细胞性胃肠炎、肠道血管炎、肠道肿瘤（如癌、淋巴瘤）、憩室炎等。
③脂肪泻。包括吸收不良综合征［如乳糜泻、惠普尔（Whipple）病（即肠性脂质营养不良）］、短肠综合征、小肠细菌过度生长、慢性肠系膜缺血、小肠淋巴管扩张症等）、胰腺外分泌不足等。
慢性腹泻的临床表现不一，病因复杂，引起腹泻的机制各异。诊断评估步骤如下：
①根据病史和体检获取有用信息。半夜或清晨被便意扰醒者多属器质性原因；进食牛奶发生腹泻者提示为乳糖不耐受；进某些食物诱发者见于变态反应性腹泻。分泌性腹泻量最大，小肠炎症性腹泻和渗透性腹泻次之，结肠炎症性腹泻量最少。炎症性腹泻腹痛较明显。脐周或右下腹疼痛提示小肠病变；左下腹痛多见于结肠病变；直肠受累多伴里急后重。腹部肿块提示肿瘤或炎症性病变。肛门指检带血时需怀疑直肠癌。
②实验室筛选检查。粪便常规、隐血试验和粪便培养。必要时，行粪便脂肪定性检测和电解质检测。其他常规检查包括血常规、血电解质、总蛋白、C-反应蛋白和红细胞沉降率等。
③进一步检查。影像学检查和内镜检查可发现胃肠道结构性病变。前者包括X线钡剂检查、腹部超声、电子计算机断层扫描和磁共振成像等，后者包括胃镜、结肠镜、小肠镜和胶囊内镜检查等。实验室特殊检查包括血相关激素和介质检测和小肠吸收功能试验等有助于特殊原因腹泻的诊断。
④确定何种类型腹泻。根据病史和实验室筛选检查，可初步确定为水样泻、炎症性腹泻还是脂肪泻。水样泻为水样便，粪便镜检无明显红细胞和白细胞，腹泻严重者可伴有脱水、低血钾、大便失禁等。炎症性腹泻多为黏液、脓血便，少数可呈水样便，粪便镜检有红细胞和白细胞，可伴有发热和血白细胞升高、红细胞沉降率加快和C-反应蛋白升高。脂肪泻典型者有大容量、腐臭、淡黄色稀水样或糊状便，表面常飘浮油脂状物，粪便脂肪定性检测阳性。
⑤综合分析、推理判断腹泻原因。水样泻最常见，渗透性、分泌性和运动障碍性腹泻均可表现为水样腹泻。渗透性腹泻禁食后腹泻停止/减轻，服用泻药和糖类消化吸收不良是最常见原因。动力障碍性腹泻可根据是否存在肠蠕动过速或紊乱的因素判断。分泌性腹泻粪便量超过1升/日，禁食不能缓解；需明确有无肠道结构性病变；选择性检测血相关激素和介质。炎症性腹泻首先须排除感染，在此基础上需明确有无肠道结构性病变，包括糜烂、溃疡、肿瘤等。脂肪泻者应怀疑胰腺外分泌功能不足、小肠结构病变或小肠细菌过度生长。部分水样泻者的病因难以明确，需重点考虑显微镜下结肠炎、慢性特发性分泌性腹泻、功能性腹泻、胆酸诱导性腹泻、小肠细菌过度生长、胰性外分泌功能不足、糖吸收不良和某些神经内分泌肿瘤等。
腹泻的处理病因治疗是根本。乳糖不耐受者应避免摄入乳糖，小肠细菌过度生长或肠道感染者应选用抗生素，胰腺源性腹泻应补充胰酶。支持对症治疗包括：
①口服或静脉补液。纠正水电解质和酸碱紊乱，补充营养物质。
②止泻药。对水样腹泻频繁者可短期使用。轻者可选用吸附药，如蒙脱石散剂，症状明显者可用地芬诺酯或洛哌丁胺等。
③微生态制剂。可调节肠道菌群。
④生长抑素。适用于神经内分泌肿瘤引起的腹泻和难治性特发性分泌性腹泻。